En los lugares de acceso más difícil pueden encontrarse algunos remanentes de la fauna cubana primitiva, como son la jutía conga (Capromys pilorides), la boa cubana, el majá de Santa María (Epicrates angulifer) y el Anolis lucius, pequeño lagarto endémico de Cuba.
En esta provincia una de las zonas más ricas en cuanto a diversidad es la ciénaga de Zapata. En ella la fauna de mamíferos es abundante en especies de roedores, como las jutías, entre las que se destaca la jutía enana (Mesocapromys nana) y algunas especies introducidas intencional o accidentalmente, como el venado y puerco jíbaros. Pero sin dudas, el animal emblemático de la región es el cocodrilo cubano (Crocodylus rombipher), aunque también puede verse el caimán (Crocodylus acutus) el cual puede medir hasta cuatro metros.
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