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Cayo Santa María fue declarado por la UNESCO "Reserva de la Biosfera. En él encontramos variedades de animales donde destacan 10 especies que conforman la lista de grupos endémicos del país.
Existen desde masivas colonias de flamencos, gaviotas, corúas, hasta lagartos, iguanas, moluscos y el pájaro arriero. Los fondos marinos están poblados por algas y hay gran variedad de moluscos anfibios, reptiles, mamíferos y aves.
Dentro de las especies aladas se pueden observar también al tocororo, reconocido como ave nacional, pájaros carpinteros y gavilanes, así como venados y jutías de diversas variedades destacándose en exclusiva la jutía rata.
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