En la zona norte la fauna silvestre está asociada a las comunidades vegetales de esta región, aunque cabe destacar que en las zonas costeras especialmente en las bahías de Manatí y Malagueta, se localiza uno de los mamíferos marinos más representativos de Cuba y del Mediterráneo Americano: el manatí (trichechus manatus).
En la región central de esta provincia la fauna es antropoxena, deribada de las actividades ganaderas y los cultivos agrícolas. Las especies silvestres escasas están asociadas a la vegetación de cuabal, focos pequeños de vegetación natural y plantaciones forestales y están representadas, entre los mamíferos, por el murciélago de la jata (Mormopterus minutus), el murciélago mariposa (Natalus lepidus) uno de los quirópteros de menor talla del mundo; de los anfibios anuros cabe destacar la ventorrilla (Eleutherodactylus thomasi), la ventorrilla gigante (Eleutherodactylus grevi) y de los arácnidos puede señalarse el alacrán (Centruroides anchorellus).
Al sur, la fauna silvestre al igual que la flora, es típica de manglares y ciénagas (hidrófilas). En las zonas cenagosas son bastante abundantes los cocodrilos (Crocodylus rombipher). En la región se han adaptado con relativa facilidad algunas especies introducidas por el hombre como el venado coliblanco (Odocoileus virginianus) y otras de vida silvestre, como el puerco jíbaro (Sus scrofa).
