En la zona norte la vegetación natural se encuentra en forma de bosque siempreverde micrófilo, costero y subcostero sobre todo en la zona de punta Covarrubias, en la boca de la bahía de Malagueta.
La flora silvestre ha sido muy afectada por las actividades del hombre; pero puede encontrarse en los sectores costeros, asociada a la vegetación de manglar y los bosques semideciduos mesófilos típicos. Un ejemplo de ello es la Copernicia rigida, que es localizable al sur de la bahía de Malagueta.
Hacia el centro y este de la región predomina la vegetación cultural, alternada con pastos, sabanas naturales y vegetación secundaria. La flora silvestre está vinculada a los restos de cuabales, con su inventario típico de especies endémicas, aunque en este caso muy empobrecidos.
El sur, en cuanto a vegetación se refiere se encuentra muy deforestada, excepto en la franja litoral, cubierta por manglares espesos. La vegetación seminatural aparece en forma de bosques semideciduos, mesófilos, con humedad fluctuante. La flora silvestre está asociada a los manglares y ciénagas costeras.
