La fauna Silvestre ha sido diezmada por el hombre.En las cavernas de esta región se aprecia una entomofauna variada y de refugio a muchas especies de quirópteros y aves de gran importancia en el control de vectores dañinos a la agricultura y la salud humana.
En la desembocadura de muchos ríos incluso de aquellos que desembocan en la costa norte puede verse uno de los representantes más singulares de la fauna vertebrada de Cuba, el manatí o vaca marina (Trichechus manatus manatus).
Aunque probablemente existe en todo el país, la ranita de Cuba (Eleutherodactylus limbatus), sólo ha sido señalada en cuatro provincias, entre ellas La Habana. Se encuentra entre las más pequeñas del mundo con una longitud de 1,2 cm y tiene los dedos libres sin discos digitales.