Sancti Spíritus a été l'une des sept premières villes de l'île fondées par le conquérant espagnol Diego Velázquez. Après la fondation de  Bayamo, la deuxième ville, il décida de bâtir celle de La Santísima Trinidad et une autre qu'il allait appeler Espíritu Santo. Vers 1514, cette nouvelle région peuplée allait devenir Cayo de la Iglesia.
Il existe différentes versions sur les motifs du transfert de la ville sur un autre territoire. Cependant, il demeure qu'en 1522, elle est devenue, une fois déplacée près de la rivière portant le même nom, la ville de Yayabo, qui est aujourd'hui exactement au même endroit.
L'économie de la province, plus spécifiquement la partie centrale de la région, s'écroulait au 19e siècle lorsque les propriétaires terriens et les industriels voulurent moderniser, lors de l'introduction de machines à vapeur et du transport par train, le processus de transformation du sucre. Même si Sancti Spíritus et Trinidad pouvaient compter sur de bonnes raffineries de sucre, elles ne pouvaient plus faire compétition avec celles de l'ouest.
En 1868, la Guerre de Dix Ans commençait et au début de 1875 les forces indépendantes venant de la province de Oriente envahissaient Las Villas afin d'étendre leur guerre vers l'ouest. Une force de 1000 hommes, menés par le Général Máximo Gómez entraient sur le territoire de Las Villas. S'ensuivirent plusieurs luttes sur les territoires de Sancti Spíritus, Manicaragua, Cienfuegos et autres. Cette fois, causée par la division, le régionalisme et l'indiscipline qui entraîna la dispersion des troupes, la fin de la campagne fut plus désastreuse. Cependant, les patriotes Serafín Sánchez, Leocadio Bonachea, et Carlos Roloff poursuivaient la guerilla contre les colonnes espagnoles.
Pendant la guerre de 1895, dans une quête héroïque de l'invasion est-ouest, le quatrième bataillon de Sancti Spíritus, avec en tête le général Serafín Sánchez, joignait les forces d'invasion avec le même courage et la même détermination que dans la guerre de Dix Ans. À leur arrivée, le 3 décembre,  les forces d'invasion comptaient sur l'héroïsme des membres de l'insurrection pour lutter courageusement à Sancti Spíritus et Trinidad.
La lutte pour la libération se terminait avec le triomphe de la révolution le 1er janvier 1959. La province de Sancti Spíritus jouait un rôle-clé important : elle apportait un soutien aux troupes d'invasion dirigées par Ernesto Che Guevara, ce qui permit de prendre les villes de Cabaiguán et de Sancti Spíritus et d'autres territoires. Le 21 décembre, ces villes n'offrirent aucune résistance et ces actions préparaient le terrain pour atteindre l'objectif principal des forces d'invasion : la prise de Santa Clara.
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