Il existe différentes versions sur l'origine de son nom, qui en espagnol signifie "Massacres". Le prêtre Bartolomé de las Casas fait référence dans ses chroniques à un événement qui eut lieu en 1509 dans la Baie de Guanimar : des aboriginaux de la région attaquèrent et massacrèrent un groupe d'espagnols qui naviguaient dans la région. En 1513, la crique de Guanimar adoptait le nom de Matanzas et lorsqu'en 1693 la ville fut fondée, elle s'appelait San Carlos y San Severino de Matanzas.
Ce coin du pays a connu un lent développement jusqu'à la première moitié du 19e siècle. L'économie de la région à cette époque commençait à se développer avec la modernisation de l'industrie du sucre et est devenue l'une des régions les plus productives du pays. Avec le développement de l'industrie, les conditions d'esclavage devenaient de plus en plus inhumaines. En 1843, Leopoldo O'Donnell, Capitaine général de l'île, disposé à donner des punitions exemplaires pour mettre un terme aux demandes des esclaves, provoquait l'épisode le plus sanglant de l'histoire coloniale : la répression de La Escalera.
Pendant l'invasion menée par les patriotes cubains Máximo Gómez et Antonio Maceo, Matanzas jouait un rôle important. Sur son territoire, prenait place dans les premiers mois de 1896, les batailles du Coliseo et du Calimete. Après ces premières luttes, la colonne d'invasion, dans une tentative pour déjouer les troupes espagnoles, fit semblant de retourner à Las Villas. Cependant, ce n'était qu'une stratégie qui confirmait l'avance des troupes cubaines dans la région occidentale du pays.
Durant la période néocoloniale, Matanzas était caractérisée par sa participation dans les luttes des travailleurs et luttles étudiantes. Sous le régime tyrannique de Batista, des actions justifiées s'imposaient. Le 29 avril 1956, se produisait l'attaque de la garnison Goicuría. Même si tous les attaquants succombèrent lors de cette attaque, elle prouva que les habitants de la ville pouvaient être rebelles contre le tyran.
En 1957, José Antonio Echeverría, patriote natif de la ville de Cárdenas, dans la province de Matanzas et président de la fédération des étudiants de l'université, en plus d'être membre de la direction révolutionnaire, prenait part à l'attaque du palais présidentiel et la prise de contrôle de la station de radio Reloj. Après s'être adressé au peuple cubain à la radio, il prit part à une tuerie dans laquelle il perdit la vie.
Après le triomple de la révolution en 1961, prenait place sur la côte sud-est de Matanzas
l'invasion mercenaire de la Baie des Cochons qui était vaincue par le peuple en seulement soixante-douze heures.