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Sa faune est surtout caractérisée par la présence de petits oiseaux à plumage coloré et au chant mélodieux comme le rosacoli, le perroquet, et la perruche. De plus, on y croise dans ses mangliers, de curieuses espèces telles la Carta Cuba, le colibri, le zunzun et le Pajaro Carpintero Cubano (le pivert cubain). On rencontre également des mouettes, des grues et des pélicans propres à cette région. Cayo Largo garde en ses lieux une grande quantité d'iguanes cubaines en plus de lézards exotiques dont l'espèce remonte à mil ans.
Ses fonds marins sont habités par une grande variété de tortues comme la Carey et la Kawama, des milliers de poissons multicolores, de dauphins, de mollusques et fruits de mer en plus de posséder de merveilleuses barrières corallines.
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