Flore, faune et une nature vierge caractérisent l'endroit. Dans cette nature tropicale endémique, on y trouve de grandes étendues de " sibalos ", de colombes et de " pacualas " ainsi que de gros poissons, de mérous et de barracudas. Les récifs de Cayo Coco ont une longitude de plus ou moins 32 km et sont reconnus pour le corail, sa variété de gorgones et d'éponges . On y rencontre aussi d'autres espèces telles la raie, des mantes et des tortues.
Les ibis blancs se retrouvent en abondance (aussi connus sous le nom d'oiseau de cocotier). Au sud du cayo, se trouve une colonie de flamants roses qui offre, surtout tôt le matin et au coucher du soleil, un spectacle grandiose et unique.
Les fôrets et les formations végétales couvrent près de 90% du territoire. Se trouvent également plusieurs lagunes, à l'intérieur de l'île, et qui représentent l'habitat idéal de nombreuses espèces fauniques en plus de deux sentiers d'interprétation de la nature, soit celui de la dune de La Loma del Puerto et celui de Las Dolinas.
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